В мае-июне 1993 г. в Азербайджане произошел мятеж полевого командира, полковника Сурета Гусейнова, который во главе преданных ему немногочисленных отрядов двинулся на Баку. Гусейнов, практически не встречая сопротивления, вошел в Баку. Еще за несколько дней до его победоносного вступления в столицу страны, оттуда бежал Эльчибей. Войдя в Баку, Гусейнов пригласил руководить страной Гейдара Алиева – патриарха азербайджанской политики. В Азербайджане до сих пор никто не сомневается в том, что мятеж С. Гусейнова был проведен по указанию Алиева. Таким образом, вновь оказавшийся на олимпе власти в Азербайджане после нескольких лет нахиджеванской ссылки, Г. Алиев узурпировал президентскую власть посредством военного переворота.

Для того чтобы придать выборам престарелого Алиева видимость законности, в конституции Азербайджанской Республики были произведены изменения, устранившие «возрастной потолок» кандидатов в президенты.

Пришедший к власти в стране Г. Алиев, при посредничестве России, первым делом заключил перемирие с НКР, после чего двинул войска в мятежные районы Талыша, где население, недовольное узурпацией власти на своей родине тюркским Азербайджаном, провозгласило Талыш-Муганскую Республику. Потопив в крови национально-освободительное движение талышей, Алиев вновь обратился к проблеме НКР, однако, учитывая печальный опыт Эльчибея, он активно занялся поисками наемников со всех концов света. Достаточно, сказать, что к осени 1993 года только афганских и пакистанских моджахедов из возглавляемой Гюльбеддином Хекматияром исламистской партии «Хезб е-Ислами» в вооруженных силах Азербайджанской Республики насчитывалось свыше трех тысяч.

В первые годы правления Гейдара Алиева в Азербайджане произошло объединение лидеров террористических группировок из разных стран. В 1993 году, по данным специалистов, Азербайджан превратился в явочную «малину» для исламских террористов, а также перевалочный пункт для поставки финансов, наркотиков, вооружения и боевиков в «независимую Ичкерию», представительство которой легально функционировало в Баку. Гейдар Алиев пригласил в Азербайджан и использовал в агрессии против Республики Арцах ныне широко известных своей безжалостностью террористов Хаттаба, Шамиля Басаева, Доку Умаров, Ибрагима Эйдаруса, Салмана Радуева, Хункарпаши Исрапилова, Турпала Атгериева, Ахмеда Салам Мабрука, Хафиса Мабрука, Ясира аль-Сирри и других. Необходимо отметить, организованное Гейдаром Алиевым собрание террористов в Азербайджане стало причиной кровавых последствий для всего мира. И вовсе не случайно, что именно начиная с середины девяностых годов прошлого века мир столкнулся с кровавым чудовищем – международным исламским терроризмом.

Современные технологии облегчают террористам разных стран возможность координировать свои действия, однако необходимо признать, что одним интернетом подобные вопросы невозможно решить. Необходимы еще и очные контакты, и личное знакомство, и то, что называется «повязаться кровью». Именно это и организовал Гейдар Алиев, и сделал это тогда, когда мир только знакомился с интернетом. Разумеется, международный исламский терроризм состоялся бы в любом случае. Это обстоятельство, однако, никак не оправдывает Гейдара Алиева, действия которого значительно ускорили зарождение этого чудовища.

Тем не менее, именно при Алиеве азербайджанские вооруженные силы бежали с Агдамского (Акна), Кельбаджарского (Карвачар), Кубатлинского (Сарасар), Зангеланского (Ковсакан), Джебраильского (Джракан) районов Республики Арцах. Зимне-весеннее наступление 1993-1994 гг. Азербайджана на позиции Армии Обороны Республики Арцах захлебнулось в крови азербайджанских аскеров, тысячи трупов которых Гейдар Алиев спрятал от жителей республики.

Не достигнув успеха на внешнем фронте, Алиев принялся активно укреплять собственную власть в Азербайджане. Основной опорой политической власти Алиева стали выходцы из Армении и Нахиджевана, среди которых предпочтение отдавалось этническим курдам (Гейдар Алиев, равно как и его жена, Зарифа Алиева, являются этническими курдами). Фактически узурпировав политическую власть в Азербайджанской Республике, Г. Алиев отдал ее на откуп курдам.