13 января 1990 г., в Баку на площади имени Ленина начался митинг с требованием отставки первого секретаря ЦК Компартии Азербайджанской ССР Абдурахмана  Везирова, который, по мнению митингующих, не смог обеспечить безопасность азербайджанского населения в Нагорном Карабахе и прилегающих районах. На этом же митинге было объявлено о создании Совета национальной обороны во главе с пантюркистом А. Эльчибеем.

Тот же день в Баку начались погромы армян. Людей выбрасывали с балконов верхних этажей, толпы нападали на   и забивали их до смерти. Местные органы власти, а также расквартированные в городе 12-тысячный контингент внутренних войск МВД СССР и части Советской армии не вмешивались в происходящее, ограничиваясь только охраной правительственных объектов.

По одной из версий азербайджанские беженцы из Армении стали нападать на местных армян. Профессор, доктор юридических наук В. В. Лунеев считает, что поводом к погрому послужило подстрекательское объявление на митинге Народного фронта об убийстве азербайджанца Мамедова. Сами армянские беженцы из Баку обвиняли в погромах «людей из Народного фронта», его бородатых молодых активистов. Томас де Ваал, Лейла Юнусова и Зардушт Ализаде возлагают ответственность за антиармянские погромы на лидеров радикального крыла Народного фронта Азербайджана. 15 января на части территории Азербайджана было объявлено чрезвычайное положение, однако оно не распространялось на Баку.

В ночь на 20 января 1990 года советская армия штурмовала Баку с целью разгрома Народного фронта и спасения власти Коммунистической партии в Азербайджане, руководствуясь указом о вводе в городе чрезвычайного положения, которое было объявлено начиная с полуночи.

В результате силовой акции более сотни мирных жителей, в основном азербайджанцев, погибли из-за необоснованного и чрезмерного применения силы. По данным республиканской комиссии по расследованию обстоятельств и причин трагических событий 20 января 1990 года, погибли 131, ещё 744 человека были ранены. Называется цифра и в 137 погибших.  Помимо мирных жителей, по невыясненным причинам также погиб 21 солдат советской армии.

20 января Советская Власть пыталась восстановить конституционный порядок на территории Советского Азербайджана.

СССР в данный период уже находилась на краю гибели.